พื้นที่เพาะปลูกจำนวน 101.93 ล้านไร่ หรือคิดเป็น 78.24% ตั้งอยู่นอกเขตชลประทานจำเป็นต้องอาศัยน้ำฝน โดยการทางออก คือ การเจาะน้ำบาดาล เนื่องจากเป็นแหล่งน้ำที่ถูกพัฒนาขึ้นมา ให้ใช้ได้ง่าย มีค่าใช้จ่ายน้อยกว่าการทำระบบชลประทานทั้งระบบ สิ่งสำคัญช่วยแก้ปัญหาได้อย่างตรงจุดมากกว่าวิธีอื่น
โครงการน้ำบาดาลเพื่อการเกษตร คือ การคัดเลือกพื้นที่เจาะน้ำบาดาล ก่อนลงมือได้ศึกษาตั้งแต่ศักยภาพของพื้นที่ การขยายเขตไฟฟ้า รวมทั้งการมีส่วนร่วมของเกษตรกรซึ่งจะต้องเป็นผู้ดูแลระบบหลังโครงการเสร็จสิ้นต่อไป มุ่งเน้นการใช้น้ำเพื่อการเกษตร โดยเฉพาะการปลูกพืชหมุนเวียน และพืชอายุสั้น
วิธีคือขุดเจาะน้ำบาดาลระดับตื้น ซึ่งมีความลึกน้อยกว่า 30 เมตร พร้อมติดตั้งระบบให้เกษตรกรสามารถสูบน้ำนำไปใช้ได้เลย เริ่มจากลำปางกับอุบลราชธานี ส่วนบ่อน้ำลึกเกิน 30 เมตร เริ่มดำเนินการที่ นนทบุรี , นครสวรรค์ , อ่างทอง, อุทัยธานี , สิงห์บุรี , อยุธยา , ปทุมธานี , ชัยนาท , กาญจนบุรี และสุพรรณบุรี
แต่ก็มีปัญหา ตรงที่บางคนกังวลว่า การขุดน้ำบาดาลขึ้นมาใช้จะทำให้โลกเปลี่ยนไป แต่ความจริงแล้วการดึงน้ำบาดาลในโครงการนี้ไม่ร้ายแรงเหมือนอย่างกังวล เนื่องจากใช้หลักการสูบน้ำบาดาลอย่างปลอดภัย ซึ่งเรียกว่า Safe Yield โดยในแต่ละโครงการ จะมีการเจาะบ่อสังเกตการณ์เอาไว้ 1 บ่อ เพื่อตรวจระดับว่า มีการสูบขึ้นไปใช้มากจนเกินผิดปกติหรือเปล่า และทุกๆ เดือนก็จะมีเจ้าหน้าที่มาตรวจสอบ ถ้าพบว่ามีการนำน้ำไปใช้อย่างผิดวัตถุประสงค์ เช่น เอาไปเลี้ยงปลา , ทำนาข้าว เป็นต้น ใช้เยอะจนไม่คำนึงถึงผลกระทบ ก็จะมีการว่ากล่าวตักเตือน และถ้ายังฝ่าฝืนก็จะตัดออกจากโครงการทันที เพราะมิฉะนั้นในปีต่อไปบ่อบาดาลก็อาจแห้ง ไม่สามารถดึงน้ำมาใช้ได้อย่างถาวร
โดยถ้าเป็นบ่อบาดาลที่มีความลึกเกิน 30 เมตร จะต้องมีการเจาะบ่อทั้งหมด 16 บ่อ สร้างหอถังปูน 8 หอถัง และในแต่ละหอถังจะต้องมีการกักน้ำจากบ่อบาดาล 2 บ่อ สาเหตุที่ต้องสร้างหอถังจำนวนมาก เพราต้องการให้แรงส่งน้ำเกิดขึ้นอย่างสม่ำเสมอทั่วถึงรัศมี 500 ไร่ ส่วนปากบ่อ ก็จะติดมิเตอร์วัดน้ำไว้ เพื่อตรวจสอบว่ามีจุดไหนหลุดรั่วเสียหายไปบ้าง จะได้เร่งซ่อมแซมแก้ไข รวมถึงน้ำที่จะส่งต่อไปให้เกษตรกรใช้ ก็จะมีการวางระบบท่อส่งน้ำไปยังแปลงของเกษตรกร โดยในแต่ละบ้านจะต้องติดตั้งมิเตอร์ด้วย เพื่อให้เกษตรกรจัดการค่าน้ำกันเอง เพื่อเป็นการสร้างความเข้มแข็งให้แก่กลุ่มเกษตรกร อีกทั้งยังตรวจสอบได้ว่าบ้านไหนใช้น้ำมากใช้น้อย ก็ต้องจ่ายค่าบำรุงตามที่ใช้จริง เพื่อความยุติธรรมต่อส่วนรวม